A Secretaria Executiva é setor de Assessoria Técnica e Administrativa do Conselho Estadual de Saúde do Ceará composta de trabalhadores de nível superior e médio ligados ao Sistema Único de Saúde (SUS).

Cabe à Secretaria dar todo o suporte técnico-administrativo para as atribuições do Conselho, às suas Comissões, Câmaras e Fóruns.

Também está entre as atribuições da Secretaria Executiva acompanhar, assessorar e participar da execução e do mapeamento do recolhimento de dados e análises estratégicas formuladas pelos órgãos conveniados, organizar o processo eleitoral do Conselho e participar da organização da Conferência Estadual de Saúde e das Conferências Temáticas, entre outras ações.

Atualmente a Secretária Executiva é conduzida pela pedagoga, Maria Goretti de Araújo Sousa.